NCBI的blastn 引物比对与ACCESSION的问题
来源:学生作业帮 编辑:搜搜考试网作业帮 分类:综合作业 时间:2024/06/14 14:23:08
NCBI的blastn 引物比对与ACCESSION的问题
碱基序列tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg(实为一对引物的合并序列)在NCBI的blastn中,与ACCESSION:AY070235 (Align two or more sequences)可100%匹配,见图
![](http://img.wesiedu.com/upload/4/a2/4a229805493de05d182b8ccbb5a4b918.jpg)
参数选择:Program Selection
Optimize for
Somewhat similar sequences (blastn)
但是只输入tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg,不输ACCESSION,gi等信息,该碱基序列与nucleotide库中比对的结果见图
![](http://img.wesiedu.com/upload/7/c0/7c045e496bcc696ea956ac7e49730d69.jpg)
,只有3’端的能匹配上,而且AY070235这个原本匹配的序列哪儿去了呢?
参数选择:Choose Search Set
Database
Others (nr etc.):nr/nt
我觉得可能是在Choose Search Set——Database——Others (nr etc.):nr/nt
上出了问题.那我应该怎么选择呢?(研究对象是细菌的基因组)
![](http://img.wesiedu.com/upload/8/bc/8bc87daa58dc2a101e0ab130f59796c8.jpg)
![](http://img.wesiedu.com/upload/2/f2/2f271415f0cdaf61ca696c1cbafea6d6.jpg)
碱基序列tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg(实为一对引物的合并序列)在NCBI的blastn中,与ACCESSION:AY070235 (Align two or more sequences)可100%匹配,见图
![](http://img.wesiedu.com/upload/4/a2/4a229805493de05d182b8ccbb5a4b918.jpg)
参数选择:Program Selection
Optimize for
Somewhat similar sequences (blastn)
但是只输入tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg,不输ACCESSION,gi等信息,该碱基序列与nucleotide库中比对的结果见图
![](http://img.wesiedu.com/upload/7/c0/7c045e496bcc696ea956ac7e49730d69.jpg)
,只有3’端的能匹配上,而且AY070235这个原本匹配的序列哪儿去了呢?
参数选择:Choose Search Set
Database
Others (nr etc.):nr/nt
我觉得可能是在Choose Search Set——Database——Others (nr etc.):nr/nt
上出了问题.那我应该怎么选择呢?(研究对象是细菌的基因组)
![](http://img.wesiedu.com/upload/8/bc/8bc87daa58dc2a101e0ab130f59796c8.jpg)
![](http://img.wesiedu.com/upload/2/f2/2f271415f0cdaf61ca696c1cbafea6d6.jpg)
![NCBI的blastn 引物比对与ACCESSION的问题](/uploads/image/z/17067331-19-1.jpg?t=NCBI%E7%9A%84blastn+%E5%BC%95%E7%89%A9%E6%AF%94%E5%AF%B9%E4%B8%8EACCESSION%E7%9A%84%E9%97%AE%E9%A2%98)
同意楼上的,刚刚测试了下.
在organism处限定物种即可:Klebsiella pneumoniae.然后你只需页面搜索就能定位到你的序列.
若不限定物种,因为高度同源的序列很多,或者说符合输出条件的数量超过了NCBI反馈序列数量最大值(100条最优结果),多出的序列就被舍弃了,而你的目的序列恰在100以后.
在organism处限定物种即可:Klebsiella pneumoniae.然后你只需页面搜索就能定位到你的序列.
若不限定物种,因为高度同源的序列很多,或者说符合输出条件的数量超过了NCBI反馈序列数量最大值(100条最优结果),多出的序列就被舍弃了,而你的目的序列恰在100以后.
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