细菌引物 blast
来源:学生作业帮助网 编辑:作业帮 时间:2024/06/05 21:50:53
通俗的讲,引物就是为了增幅目的DNA而导入的短小DNA片断,在PCR反应中,新合成的DNA是要接在引物上才能继续按照模版DNA复制.引物的设计因需要增幅的序列而不同.举个例子来说,你要增幅如下序列:a
怎样用primer-blast设计引物http://wangyufeng222.blog.163.com/blog/static/128222070201110511213331/
什么跟什么说的太不清楚饿了只要你需要的那段序列是对的不就行了嘛跟引物序列有啥关系毕竟大部分的PCR引物设计都是在需要的序列两端隔一段距离而且如果你测序是拿PCR引物测的话那前面的几十个碱基都是测不准的
对序列匹配程度进行评分后得出的分值
NCBI在线Blast的图文说明本文详细出处参考:http://liucheng.name/475/关于Blast的文章:http://liucheng.name/tag/blast/
测序一般一个反应在700bp左右,也就是说一个引物可以支持700bp长度的片段的测序工作,你自己设计的一对引物就是正反两方向测,大概在1400bp.但是,一般测序公司测4kb的片段还是很容易的,因为只
BLAST是用来比对序列的相似度的.
n.爆炸;巨响;一阵(强风);严厉的批评;愉快的经历v.爆破;摧毁;发出巨响;用力撞击;批评
150bp我是用你的引物blast,找到相应的匹配结果.尽管菌种不同,但是对于你的引物而言,有两组序列(JN562715.2;JQ010853.1)均显示PCR结果为150bp,所以你的片段长度很可能
通用引物1492r/F27,pcr后去测序,因为测序软件的自身原因,测出来开头的序列是杂带不准确,如果需要16sRNA的全长,必须做TA克隆,就需要载体的问题了.如果你要求鉴定菌种只到属,完全可以用通
V3区是在通用引物所扩增的序列的一部分.V3区引物的变异性相对于通用引物27F/1492R而言更高.
+号表示的是相似性质的氨基酸残基.
没事,这个可以,你应该是把设计的上下游引物都进行了比对,前两个比对结果应该就是上游、和下游引物,假设你第一个结果是上游,第二个结果是下游.那么第三个结果也就是下游比对结果,下游结合的位置距离上游、下游
Tm值太高了.只是逆转录的话,只要能逆转录出来,再用pcr扩就好了,特异性不用太讲究.
在数学上E用来表示“科学计数法”,如3.2×10^18记作3.2E18,即E=Exponent,指数;幂再问:5e-04,即表示5×10^-4。谢谢再答:嗯,对的!
对上面这个页面进行一下必要的介绍:BLAST的这个页面主体部分(左面)包括了三部分:BLASTAssembledGenomes、BasicBLAST、SpecializedBLAST.相信大家可以看懂
我用primer5设计出来的Tm值从来都是直接当退火温度用.用引物primer-blast的话我都是直接贴序列上去.有其他菌的匹配很正常,有些进化亲缘性很近的,只要在同一物种中没有匹配上的问题应该不大
有基因序列号,你就可以直接上genebank下载其序列,下载到全序列,你需要扩增的CDS区,也就是编码区,可以全外显子扩增,这样简单一点,也可以做cDNA克隆,然后再做,前者的话就可以直接根据其基因序
磨砂外观报告
一般用40bp的GC夹:5‘-CgCCCgCCgCgCCCCgCgCCCggCCCgCCgCCCCCgCCCC-3',合成引物的时候,把这个序列加到一条引物的5'端就可以了