序列AT含量高引物设计

直接发送给我,我帮你设计.

一般未知的序列旁边都有已知的一段吧,就是你说的“修饰片段”?PCR这种flankingsequence可以有很多方法,比如TAIL-PCR,用ADprimer（简并引物）和特异性引物就可以得到目标片段

从NCBI中下载基因的序列,再用DNASTAR进行比对,那是保守区域!

请问你的目的是要P出这段基因全长,还是只需要其中一段就可以呢?如果只需要一段的话楼上那个引物就可以了,P全长的话引物的位置必须在最顶端,可以为：5'atgaggttcaatgtctcagg3'5'ct

mRNA序列从NCBI上搜如果是常规PCR引物用pp5设计realtime引物搜别人文献里面报道的实在没有再自己设计

你先设计几条引物,然后上NCBI数据库BLAST一下（在外显子上设计比较好些）再问：我的想法是先将已知的序列与同源物种比对，以同源物种多出的区域设计上下游引物，可是这样得到的引物分值太低，怎么办再答：

当然可以咯,不过我没明白为什么上游引物GCrich跟分两段扩增有什么关系,1.2K一次扩增是完全没有问题的,如果上游引物出现GCrich的情况,那么可以考虑在更加上游的地方设计引物啊,在这个基因外测的

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/194473617?report=genbank

我很奇怪,你写的序列怎么没有方向呢?哪端是3’端?哪端是5’端?如果开头那个部分是5’端的话,你的一对引物的序列分别为：5’—gaatgtacgtgccgc—3'5'—actagctacaatcc—3

试试吧.退火温度低一些50左右

把这段基因输入设计软件里,调节引物位置,使变性温度在94度,退火温度=Tm-（5到10度）延伸温度72度左右,满足这些条件基本就可以了,当然还要根据实际情况多次实验得到最佳引物.如果你要扩增整个的基因

好像用这个软件设计引物的很少吧,我一般都用PrimerPremier5,或者oligo7.这种专业软件很多专业论坛都有说明书下载,比如生物秀、丁香通、生物谷什么的.

引物设计原则：1、长度：15—30bp,其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38,否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度),从而降低产物的特异性.2、G十c含量

这问题都上百度知道来问了,你也是生物专业的研究生吧.PrimerPremier5这个软件设计引物用很不错的.

cDNA和mRNA的序列是互补的,如果用两个引物,最后的两条DNA序列分别对应于mRNA和cDNA中的一段.由于引物方向从5‘至3’,所以两个引物对应于mRNA和cDNA中相应序列即可.

我也做得RT-PCR,是提取某物种中未测序的一段基因.是用近缘物种基因进行比对,得到保守序列设计引物,再提取总RNA,RT-PCR得到目的基因的片段再问：我需要检测的分子，在nucleotide里找不

一般对于已知序列的PCR当然不要从保守序列来设计引物,只要从开放可读框前后开始设计就行了.需要从保守序列设计引物的情况一般是两种,一是某个物种里面某个特定基因序列从未被分离过,但其进化关系相近的物种有

根据cDNA序列设计就行了,不用加3‘utr,你做载体构建还是tr-pcr基因检测?再问：做rt-pcr检测。我们老板说要加上3‘utr的序列，不知道为什么？再答：不用加，我做rt-pcr检测那么多了

不用太纠结,有点儿具体也是可以的,一般都能P出来.再问：很多mRNA选择设计不同长度的引物，没有一对是无found显示的，真的很让人纠结；请问文献上的引物有的也是这样吗，不完美，但能扩出来，不会影响q

这个问题很简单,扩增序列应该称为目的基因,目的基因一般都上万bp,从两头开始当然不合适.PCR扩增只能扩增出上下游引物之间的序列,因为只有引物之间的DNA双链是解链状态的.你的问题说明你对基础知识掌握