加长引物5端序列的设计软件

一般未知的序列旁边都有已知的一段吧,就是你说的“修饰片段”?PCR这种flankingsequence可以有很多方法,比如TAIL-PCR,用ADprimer（简并引物）和特异性引物就可以得到目标片段

从NCBI中下载基因的序列,再用DNASTAR进行比对,那是保守区域!

mRNA序列从NCBI上搜如果是常规PCR引物用pp5设计realtime引物搜别人文献里面报道的实在没有再自己设计

你先设计几条引物,然后上NCBI数据库BLAST一下（在外显子上设计比较好些）再问：我的想法是先将已知的序列与同源物种比对，以同源物种多出的区域设计上下游引物，可是这样得到的引物分值太低，怎么办再答：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/194473617?report=genbank

把这段基因输入设计软件里,调节引物位置,使变性温度在94度,退火温度=Tm-（5到10度）延伸温度72度左右,满足这些条件基本就可以了,当然还要根据实际情况多次实验得到最佳引物.如果你要扩增整个的基因

好像用这个软件设计引物的很少吧,我一般都用PrimerPremier5,或者oligo7.这种专业软件很多专业论坛都有说明书下载,比如生物秀、丁香通、生物谷什么的.

引物设计原则：1、长度：15—30bp,其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38,否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度),从而降低产物的特异性.2、G十c含量

这问题都上百度知道来问了,你也是生物专业的研究生吧.PrimerPremier5这个软件设计引物用很不错的.

首先请上NCBIBLAST搜索之(blastp).或许可以直接查到你研究物种的基因序列.即使没有,有近缘物种的基因序列也是个好的参考,通过比对,选择序列保守区设计引物.若搜索不到任何信息,就需要通过设

试试primer软件.

首先请上NCBIBLAST搜索之(blastp).或许可以直接查到你研究物种的基因序列.即使没有,有近缘物种的基因序列也是个好的参考,通过比对,选择序列保守区设计引物.若搜索不到任何信息,就需要通过设

是从NCBI里面的序列库中搜索的,自动搜索符合筛选条件的序列,从而给出引物序列blast是要求NCBI里面有的序列才能验证.你研究的物种基因组测序结果发布了吗?如果发布了的话就不用担心序列不全了

我喜欢用primer5不过见到过高手只看序列之后就写出引物了

一直用primer,还有实验室老板自己写的一个软件,感觉诧异都不大,因为基本的要满足的要素都是一样的,最后也都能拿到蛋白,CODEHOP没用过,感觉万变不离其宗.

建议你从NCBI的gene数据库入手.首先,因为TNRC9是TOX3基因以前的别称,所以用"TOX3"很容易就可以找到人类的TOX3基因（GeneID:27324）.http://www.ncbi.n

根据cDNA序列设计就行了,不用加3‘utr,你做载体构建还是tr-pcr基因检测?再问：做rt-pcr检测。我们老板说要加上3‘utr的序列，不知道为什么？再答：不用加，我做rt-pcr检测那么多了

当然是dna的啦,引物的设计有很多需要注意的地方哦,不然怎么有primer5、oligo7之类设计引物软件呢.

不用太纠结,有点儿具体也是可以的,一般都能P出来.再问：很多mRNA选择设计不同长度的引物，没有一对是无found显示的，真的很让人纠结；请问文献上的引物有的也是这样吗，不完美，但能扩出来，不会影响q

这个问题很简单,扩增序列应该称为目的基因,目的基因一般都上万bp,从两头开始当然不合适.PCR扩增只能扩增出上下游引物之间的序列,因为只有引物之间的DNA双链是解链状态的.你的问题说明你对基础知识掌握